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微生物肥料的施用方法一般有拌种、浸种、蘸根、基施、追施、沟施和穴施，以拌种****为简便、经济、有效。拌种方法是先将固体菌肥加清水调至糊状，商丘生物菌肥，或液体菌剂加清水稀释，然后与种子充分拌匀，稍晾干后播种，并立即覆土。种子需要消毒时应选择对菌肥无害，同时做到种子先消毒后拌菌剂。

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微生物肥料应避免在高温干旱条件下使用。施用微生物肥料时要注意温、湿度的变化，在高温干旱条件下，微生物生存和繁殖会受到影响，不能充分发挥其作用。要结合盖土浇水等措施，避免微生物肥料受阳光直射或因水分不足而难以发挥作用。

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土壤微生物群中，如光合成菌，它在淹水缺氧的条件下 可利用硫hua氢、二氧化碳、水及日光或热能，将之转化成单醣类及*根，而*根又能与氨合成为*氨，成为植物的养分。不但产生葡萄糖又使硫hua氢、氨气的毒性从泥水中消失，而且还能把它们转变成有用的养分，一举两得，这就是有益土壤微生物的一大功劳。

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